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Ce neuvième volume des Registres du Consistoire de Genève (1554) est visiblement plus long que les trois précédents ; ceci s’expliquant par l’intensification des conflits entre, d’un côté, Jean Calvin et le Consistoire, et de l’autre, les Enfants de Genève qui cherchent à limiter l’influence des pasteurs, tous d’origine française.
L’administration de la Sainte Cène reste l’un des points principaux de la contestation, le Consistoire revendiquant le droit exclusif d’accepter ou d’exclure les fidèles du sacrement, tandis que d'autres personnes pensent que l’excommunication relève du Petit Conseil ; cette confusion n’est pas résolue avant l’année suivante. En 1554, Calvin et les représentants genevois se retrouvent aussi en conflit avec Berne où certains pasteurs condamnent comme hérétique la doctrine de la prédestination. C’est aussi en territoire bernois que Jérôme Bolsec, expulsé de Genève pour ses critiques à l’encontre de cette doctrine, continue à attaquer la théologie de Calvin. Le Consistoire poursuit ses mesures contre la danse, les chants profanes, les jeux de hasard et les superstitions, et punit même des couples déjà mariés qui auraient eu des relations sexuelles avant leur mariage. On trouve dans ce volume de nombreux exemples de personnes qui, après s’être converties à la Réforme, retournent dans leur France ou leur Savoie natale et assistent à la messe. Au grand désarroi de Calvin, nombreux sont ceux qui passent sans difficultés du culte réformé au culte catholique, et vice-versa, selon leur lieu de vie.
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Le huitième volume des Registres du Consistoire de Genève est caractérisé par l’intensification des conflits entre Jean Calvin et le Consistoire, d’un côté, et les Enfants de Genève, de l’autre. Ces derniers se lamentent de l’important afflux de réfugiés qui proviennent surtout de France, ainsi que du pouvoir croissant des pasteurs et du Consistoire. Le pouvoir de privation de la Cène reste toujours une source de disputes amères. Quand, en septembre 1553, le Petit Conseil réadmet à la Cène Philibert Berthelier, antagoniste acharné de Calvin, le réformateur rétorque qu’il préfère mourir plutôt que d’approuver cette décision. Mais la question de la Cène ne sera résolue qu’en janvier 1555. Le Consistoire ne joue aucun rôle dans le tristement célèbre procès d’hérésie contre Michel Servet, dont l’exécution en octobre 1553 provoque en Europe un vif débat sur la tolérance religieuse. Pourtant, l’on remarque dans ce volume une augmentation des investigations contre ceux qui avaient osé critiquer la doctrine de la prédestination ou avaient exprimé des propos hétérodoxes. Les actions contre la mauvaise conduite sont de toute façon beaucoup plus nombreuses que celles contre les croyances inacceptables. Dans ce registre, on continue à trouver des actions contre les pratiques magiques et la consultation des guérisseurs, les chansons profanes, les danses et les blasphèmes. Les actions contre les querelles et la sexualité illicite sont toujours très nombreuses et dans le contrôle du mariage, les enquêtes sur les contrats controversés sont bien plus communes que les demandes de divorces. Dans ce genre de disputes, l’attention du Consistoire est principalement concentrée sur les tentatives de réconciliation entre parties adverses et sur le maintien de la paix sociale.
